Praktek Kerja Industri (prakerin) yang dahulu adalah Program Sistem Ganda atau Praktek Kerja Lapangan merupakan kurikulum wajib bagi siswa SMK untuk melakukan praktek kerja di Dunia Usaha dan Dunia Industri (Du/Di) yang sesuai dengan program keahlian yang bersangkutan. Tujuan Prakerin salah satunya adalah untuk membelajarkan siswa untuk mempraktekan ilmu dan keterampilan yang sudah diperoleh di sekolah serta membelajarkan siswa terhadap suasana dunia kerja. Sedangkan feed back bagi sekolah adalah memperoleh masukan tentang kesesuaian antara ‘kurikulum’ dunia kerja dengan kurikulum sekolah.

Prakerin di SMK informatika Utama, yang merupakan prakerin yang pertama kalinya berusaha mencarikan tempat prakerin yang benar-benar kompeten dan bergerak di bidang informatika. “Kita ingin Prakerin kita merupakan ajang untuk menunjukan kemampuan diri kita. Kita menggandeng Du/Di yang sangat kompeten maka para siswa kita harus kompeten juga. Kita tidak ingin para siswa SMK Utama selama Prakerin hanya bertugas membuatkan kopi atau hanya mengantar dokumen untuk fotokopi. Karena Kita SMK Informatika maka tugas selama Prakerin harus sesuai bidang informatika, bisa hardware, software maupun design grafis” demikian arahan Danang Iswantoro, Kepala Sekolah saat pengarahan Prakerin dihadapan 23 siswa SMKI kelas XI.

Untuk itu, pihak sekolah telah menentukan lembaga-lembaga bonafid sebagai tempatpraktek, seperti Pusat Pengembangan informatika Nuklir (PPIN) BATAN Serpong, PT IBM Indonesia, PT PLN P3B, BAZNAS, Yayasan Lazuardi, Dompet Dhuafa, PT Asuransi Wahana Harta, PT Virtual Media Nusantara dan PT ICON+.

Hal lain yang membuat beda SMKI dengan SMK lain adalah pendanaan. SMKI memberikan dana Prakerin kepada siswa peserta Prakerin secara penuh. Siswa SMKI mendapatkan uang transport untuk Prakerin, yang nilainya tergantung jarak. Untuk jarak yang dekat diberi transport Rp 75.000,- jarak menengah Rp 150.000,- sedangkan yang jauh Rp 200.000,-. Bantuan lain adalah pembuatan laporan Prakerin. Sekolah menyediakan komputer dan printer serta kertas laporan 1 rim untuk masing-masing dua siswa serta biaya penjilidan.